《山海經》文本中隱藏著很多解開其秘密的密碼，這些密碼一直靜靜地躺在那里，兩千多年來一直未被發現。其中有三大密碼，是解開《山海經》之謎的關鍵所在。
密碼之一：《大荒經》里隱藏了28座定位山。
《大荒經》包括《大荒東經》、《大荒南經》、《大荒西經》、《大荒北經》四經。在《大荒經》里，有一種特殊的句式，即“大荒之中，有山名曰××”，如果你攤開書本，慢慢去數，這樣的句子一共是28句。也就是說，《大荒經》里講了很多山，但前面加了“大荒之中”四個字的，只有28座，而且是東、南、西、北四經各7座(說明一下，南經里的一座因竹簡散亂脫落到北經了)，這28座山與夜空中的28宿遙相呼應。如下：
這《大荒經》啊，原來是古代天文學家站在一座觀象臺上，以四周的山作為定位，觀測天象的遺作，這座觀象臺是在一座山上，這座山的四周群山環繞，古人在東、南、西、北四面各選定了7座定位山，用來定位。
密碼之二：《海外經》的條目都是7的倍數。
《海外經》包括《海外南經》、《海外西經》、《海外北經》與《海外東經》，它們的條目數分別是21、21、21、14。
這一規律的成因與第一個密碼有關，第一個密碼是《大荒經》各經皆分布有7座定位山，《海外經》是《大荒經》的異文，不同的版本，所以保留了這一與7有關的規律。具體如下：
《海外南經》：
1、結匈國，2、南山，3、比翼鳥，4、羽民國，5、二八神，6、畢方鳥，7、讙頭國，8、厭火國，9、三珠樹，10、三苗國，11、臷國，12、貫匈國，13、交脛國，14、不死民，15、歧舌國，16、昆侖虛，17、鑿齒，18，三首國，19、周饒國，20、長臂國，21、狄山。
《海外西經》：
1、滅蒙鳥、2、大運山， 3、大樂之野，4、三身國， 5、一臂國，6、奇肱之國， 7、刑天， 8、女祭女戚，9、{次鳥}鳥詹鳥，10、丈夫國，11、女丑之尸， 12、巫咸國，13、并封，14、女子國， 15、軒轅之國， 16、窮山， 17、諸夭之野，18、龍魚陵居， 19、白民之國， 20、肅慎之國，21、長股之國。
《海外北經》：
1、無啓之國、2、燭陰，3、一目國，4、柔利國，5、相柳， 6、共工臺， 7、深目國，8、無腸之國， 9、攝耳， 10、夸父，11、博父國，12、禹所積石，13、拘纓之國， 14、尋木， 15、跂踵國， 16、歐絲之野，17、三桑無枝， 18、范林， 19、務隅之山，20、平丘， 21、北海內有獸。
《海外東經》：
1、丘，2、大人國，3、奢比尸國，4、君子國，5、，6、天吳，7、青丘國，8、豎亥，9、黑齒國， 10、湯谷，11、雨師妾，12、玄股之國，13、毛民國， 14、勞民國。
密碼之三：“臨于海”
《山經》將其敘述的地理分為南、西、北、東、中五個區域。南、西、北、東的山系呈對稱分布，南、北都是三列山系，東、西都是四列山系。南、西山系橫亙東西，呈東西走向。北、東山系縱跨南北，呈南北走向。中央的山系共十二列，都是東西走向。可以把南、西、北、東四面山系的分布與走向大致標示如下：
如果我們將最外圍的山連接起來，就會得到《山經》所描寫的范圍。這些外圍的山有什么特點呢?1，臨于海，2，都是關于世界邊緣的描寫。如下圖：
由此可以得出結論，《山經》是一部想象性的世界地理，是一個四面環海的板塊。